שכח לספור
בעל הלכות גדולות (הובא בתוספות מנחות סו ע"א ד"ה זכר) כותב, שמי ששכח לספור יום אחד מימי ספירת העומר - אינו ממשיך לספור. הסיבה לכך היא שבפסוק העוסק בספירת העומר נאמר: "שֶׁבַע שַׁבָּתוֹת תְּמִימֹת" (ויקרא כ"ג, טו), מכאן ניתן להסיק שהספירה צריכה להיות שלמה, ואם החסיר אפילו פעם אחת - פגם במצווה ואינו יכול לספור עוד.
התוספות (שם) ועוד ראשונים חולקים על בה"ג וסוברים שגם מי ששכח לספור יום או כמה ימים יכול להמשיך ולספור בברכה. לדעתם, לא מסתבר שהספירה כולה היא מצווה אחת (שהרי כל יום מברכים מחדש), אלא כל יום הוא מצווה בפני עצמו. לכן, גם מי שדילג על ספירת כמה ימים - יכול להמשיך לספור בברכה.
להלכה, רבים טועים וחושבים שהשוכח יום אחד הפסיד את המצווה ואינו ממשיך לספור בשאר הימים. אולם דבר זה אינו נכון! השולחן ערוך (תפ"ט, ח) פוסק:
אם שכח לברך באחד מהימים, בין יום ראשון בין משאר ימים, סופר בשאר ימים בלא ברכה.
כלומר, מי ששכח לספור יום אחד, ממשיך לספור בשאר הלילות, אלא שסופר בלא ברכה. פסק זה נובע מכך שלדעת רוב הראשונים, ספירת כל יום היא מצווה בפני עצמה, ולכן גם אם שכח לספור יום אחד - ימשיך לספור. אלא שלעניין ברכה, כיוון שניתן לקיים את המצווה גם בלא ברכה, ואנו רוצים להיזהר מחשש של ברכה לבטלה - החמירו שלא לברך (כדעת בה"ג). אך עצם החובה מעיקר הדין לספור בשאר הימים - במקומה עומדת, כאילו לא שכח כלל!

המסופק אם ספר
מה יעשה אדם שאינו בטוח אם דילג על אחד מימי הספירה? האם השאר הלילות הוא יכול לספור בברכה?

שו"ת תרומת הדשן (סי' ל"ז) פוסק שבמקרה זה אפשר להמשיך ולספור בשאר הלילות בברכה, וכך פוסק השולחן ערוך (תפ"ט, ח):
אם הוא מסופק אם דילג יום אחד ולא ספר, יספור בשאר ימים בברכה.
מה טעם הדבר? הפרי חדש (שם) מסביר שיש כאן "ספק ספיקא", כלומר: יש כלל בהלכה שאם יש שני ספקות באשר למקרה מסוים, אזי אף שבכל אחד מהספקות בפני עצמו אנו מחמירים, כשהם מצטרפים ביחד אנו מקלים. במקרה שלנו יש שני ספקות:
1. ספק במציאות - ייתכן שהאדם ספר ספירת העומר וייתכן שלא ספר.
2. ספק בקביעת ההלכה - גם אם האדם שכח לספור ספירת העומר, לדעת רוב הראשונים הוא יכול להמשיך ולברך (אף שבדרך כלל אין אנו פוסקים כך).
כיוון שכעת מצטרפים שני הספקות, ניתן להמשיך ולספור בברכה (וכך כתב המשנה ברורה, ס"ק לח).

שו"ת כתב סופר (יו"ד ח"ב, סוף סי' קפ"א) ביאר דין זה באופן אחר. לדעתו, מעיקר הדין אנו פוסקים כדעת התוספות, שגם מי שדילג על ספירת יום אחד ממשיך לספור בשאר הלילות, ורק משום 'ספק ברכות להקל' אין מברכים (כי ניתן לקיים את המצווה גם ללא ברכה). לכן, די בספק קל נוסף כדי להתיר לספור בברכה.

סיכום
גם מי ששכח יום אחד (או כמה ימים) לא הפסיד את מצוות ספירת העומר. הוא צריך להמשיך לספור באותה הקפדה, כי לדעת רוב הראשונים הוא עדיין ממשיך לקיים את המצווה. אדרבה, מי שהפסיד את הספירה פעם אחת, צריך להשתדל כעת יותר ולהקפיד שלא יפסיד שוב את הספירה! עם זאת, עליו לספור בלא ברכה, כדי לחשוש לדעת בה"ג הסובר שבאמת הפסיד את המצווה, ולדעתו זו ברכה לבטלה (אם לא ספר בלילה ונזכר במשך היום - סופר בלא ברכה כשנזכר, ובשאר הלילות ממשיך לספור בברכה).
מכל מקום, צריך לכוון לצאת ידי חובת הברכה בברכתו של שליח הציבור (או שיבקש מאדם אחר שיכוון להוציאו ידי חובה בברכה) ולענות אמן אחר ברכתו, ובכך ירוויח גם את הברכה (משנה ברורה ס"ק לז).
מי שמסתפק אם ביום מסוים ספר או לא - ממשיך לספור בשאר הלילות בברכה.
יש נוהגים לספור בכל יום את ספירת העומר גם ביום (כמובן ללא ברכה), כדי שגם במקרה שישכחו לספור בלילה יוכלו להמשיך לספור בשאר הלילות בברכה (כף החיים ס"ק פ). בבתי כנסת רבים מקובל שאחר תפילת שחרית החזן אומר בקול את ספירת העומר, וטוב לנהוג מנהג זה.