"מהו הלימוד היסודי של חכמת האמת אם לא הפירוש המקובל של אמונת ישראל, בכל מרום קדושתה וטהרתה. שבכל מה שהעזיבה הולכת ומתרבה, ותורה דלעילא מופרת, הולכים קוצים וברקנים וצומחים מאליהם, סביב סביב לנקודת האורה של אמונת אלוהי אמן. הצמחים הרעים אינם צריכים עבודה, מתוך עצלות מעצמם הם גדלים. והדור הזה הלקוי כל כך במחלת הכפירה, שהיא רפיון האמונה, האם אין לנו יסוד לומר שלתשועתו אנו צריכים להרבות בתורת האמונה? וכל זמן שהארטודקסיה (תרגום: הממסד של שומרי מצוות) אומרת בעקשנות דוקא, לא, רק גמרא ופוסקים לבדם, לא אגדה, לא מוסר, לא קבלה ולא מחקר, לא דעת העולם ולא חסידות, ועם כל זה אנכי אחזיק את מלחמתי נגד כל הקמים עלי מעברים; הרי מדלדלת את עצמה. וכל האמצעיים שהיא לוקחת בידה להגן על עצמה, מבלי לקחת את סם החיים האמתי, אור התורה בפנימיותה, הם לא לעזר ולא להועיל. והיא מתמלאה ע"י זה בקצף אין-איל, ומתמלאה מחשבות של משטמה ומדנים, גם בינה לבין עצמה. וכחה הולך וכשל".

"ומזה באה התוצאה של הצמצום המקוצף, שכל תיקון עולם, וכל כח חיים מתגלה, הכל הוא נראה לה כבא לבלע אותה, להוריד עז מבטחה" וכו'. ("אגרות הראי"ה", ח"ב עמ' רלב-רלג).

"החלק הרוחני שבתורה, לכל רחבו ועמקו והיקפו, מוכרח גם הוא למצוא מקום בישיבה. האגדות, המדרשים, הנגלים והנסתרים, ספרי מחקר וקבלה עיונית, המוסר, הרעיון, הדקדוק, הפיוט והשירה, כמובן של חכמי אמת וחסידים הראשונים, גם הם הנם גופי תורה" ("אגרות", ח"א דף קפז).
"כל ישעי וחפצי, שיתרגלו הצעירים בעלי הכשרון ללמוד, בגירסא תחילה ואח"כ בעיון, את החלק המוסרי והמדעי שבתורה" (הערת המלקט: "והמדעי" ענינו הלכות דיעות) שהוא כלל תורת הלבבות. וכו' הלימוד מתרחב והולך בהדרגה, בקביעות עת שעה או שעתיים בכל יום, עד כדי רכישת השקפה הגונה ורגש פנימי על חלק המוסרי והעיוני שבתורה, יעדן את הרוח, וישובב את הנפש וכו'. וכל כך תהיה ההתעסקות בהלכות דעות שבתורה עושה פריה, עד שהפלפול, החקירה, הביאור והחידוש בענינים הללו, יהיה מצוי אצל כל צעיר בעל כשרון, כמו שהוא מצוי ב"ה בחלק המעשי, ואז יעשה את פעולתו לטובה עד שאפילו את הצד המעשי ירומם וירחיב" ("אגרות", ח"א עמ' צג).
"למשל מן ספרי רב סעדיה גאון, הרמב"ם, הכוזרי, חובת הלבבות, העקידה, העיקרים, ודומיהם. וכה ילך הקו הלוך והקיף לאטו, עד ספרי ראשית חכמה, של"ה, מהר"ל מפראג, וכל הדומים להם. ומהם עד ספרי הדורות המאוחרים, ספרי הגר"א ותלמידיו, הגר"ז מלאדי וכל בעלי ההסברה שבחסידות, וכל הדומים לאלה ולאלה, ספרי הרמ"ח לוצאטו, יסוד ושורש העבודה וכיו"ב. וכו' וכו' הם מבריקים בנפש ההוגה בהם, בטהרת לב, בגבורה וצהלה, במתינות, בשקט ושלוות חכמים, המחברם אל כללות התורה והעבודה, אל אהבת המקום ב"ה, אהבת ישראל ואהבת הבריות והחיים בכלל" ("אדר היקר", עמ' טז).
"שכל עיקר כוונתי בחוברותי, ובכל מה שאני כותב, הוא רק לעורר וכו' לעסוק בעיון בפנימיות התורה וכו' בין במוסר וכו' בין במחקר, בין בקבלה וכו' בין על דרך הראשונים, בין על דרך האחרונים, בין על דרך החסידות, בין על דרך רבינו הגר"א והרמ"ח לוצאטו ז"ל. וללמוד את כל הספרים עם דברי זהר הקדוש וספרא דצניעותא, ספר הבהיר וספר יצירה וכל מדרשי חז"ל, בעיון ובבקיאות, צריך על זה התמדה גדולה, ממש כהתמדת הש"ס ופוסקים" ("אגרות", ח"א עמ' מא).
(יש) "לקבוע מסכת ברחבה לכל המקצוע הגדול של תורת הלב והמחשבה, לכל הלכות הדעות שבתורה, מתחתית המדריגה של הלימוד המוסרי היותר נמוך וקל, עד רום פסגת המחשבה היותר עליונה ורוממה, עד מרום שיח קודש של רזי עליון וסתרי תורה" ("אגרות", ח"א עמ' כו).

"ראשית עבודתה של תורת א"י צריכה להיות מכוונת ביחוד להסיר את הבורות (שתי אותיות ו' מנוקדות שורוק) של החלק מדעי (ביאור: הרעיוני) והפנימי שבתורה. זהו החלק הנשגב של כל עניני הלב התלוי ברגשות, בדעות ובאמונות, שהוא כללות תוכן האגדה, המוסר והמחקר, הקבלה והחסידות, הפילוסופיא והפיוט, עם כל צדדיהם הרבים והשונים. כל אלה הם ענפים מתורת הנבואה ורוח הקודש המיוחדת לא"י" ("מאמרי הראי"ה", עמ' 79 וע"ע בענין זה ב"אגרות" ח"א עמ' קכג).

"והוא הדבר מה שאני בעניי ובמר נפשי רגיל לקרוא, לשנות ולשלש מאות ואלפי פעמים, עזבנו את נשמת התורה (הערת רצי"ה: עיין זהר בהעלותך, דף קנב:). וזאת היא הצעקה הגדולה המקפת בעוזה דורות רבים, מימי הנביאים, הסופרים והחכמים, גדולי הדורות הראשונים והאחרונים. גדולי הכשרון שבנו, פנו להם בעיקר אל הצד המעשי שבתורה, וגם שם רק במקצועות מיוחדים, עבדוהו והרגילוהו בחינוך. (אבל) והצד ההרגשי, ויותר מזה הצד העיוני (ביאור המעתיק: החכמה הפנימית), ומה שלמעלה ממנו ובא אחריו ממילא, הקודש ההופעי שבו הגאולה והישועה גנוזה, אותו עזבו לגמרי. ולגס רוח ומשוגע ייחשב גם מי שבא ותובע את העלבון הגדול הזה, מרועי האומה" ("אגרות, ח"א עמ' קכג).
ואח"כ ממשיך שם:
"ובקרב המחנה שהתורה והאמונה היא דגלה, שמה ושערוריה, צלמות ואין סדרים, אין חפץ ברור ולא אידיאל מחוור ומסודר. עוד המחשבה חזקה ש"בסגולות" ירפאו את שברנו וכו' וכו'. האורטודוקסיה במלחמתה השלילית כעת משפיקה את עצמה בהבלי שוא ובדמיונות כוזבים, שהחיים והמציאות מחריבים אותה, ומחריבים עמם את נושאיהם. וכו' וכו'.
"כל מי שיש אומץ בלבבו, כח בעטו ורוח ה' בנשמתו, קרוא הוא לצאת אל המערכה ולצעוק 'הבו אור!'. מחזה אחר, לגמרי אחר, היינו רואים בדורנו, (אלמלי) (אילו) נתנדבו חלק רשום מבעלי הכשרון, הממולאים בתורה ובשכל טוב, לעבוד את כרם ה' בתוכו פנימה, לעסוק בטהרתם של מושגי האמונה והעבודה, בבירורן של הדיעות בעניני האלהות, הנבואה, רוח הקודש, הגאולה והצפייה לתשועה, תשועת האומה ותשועת העולם וכו' וכו'. ועל זה אנו נתבעים, ולזה נוצרנו" ("אגרות", ח"א עמ' קכד).
"והעקשנות הגורמת למצוא בצד הגלוי (של תורה) את כל הסיפוק הרוחני, היא מדלדלת את הכח... ומובילה (אל)... ריקניות ומפח נפש" ("אורות הקודש", ח"א עמ' ה).
"לא שמענו לקול נביאי האמת... שצווחו והכריזו... כי סוף הנהר של התלמוד המעשי לבדו להיות יבש וחרב (הערת המעתיק: עיין תיקוני זהר, תי' ל', ד"ה נתיב תנינא) אם לא נמשוך לתוכו תמיד מים מני ים (פנימיות התורה) ("אורות", עמ' קא).
"בדבר הישיבה, עיקר כוונתי היא שיהיה קבוע בה לימוד בקביעות בחלקי תורה הפנימיים, מתחילת המוסר והמחקר עד עמקי הקבלה והסוד לכל פרטיהם. כי מובטחים אנו שזה יביא לגאולה שלמה" ("אגרות" ח"א עמ' קמה, ומקורו בזוהר ח"ג דף קכד ע"ב).

"אודיעו שכמאז כן היום הנני מתעב את הרע של הרשעים, ואת החלק הטוב שבהם לעולם הייתי מוקיר, ואוהב (ה' מנוקדת פתח, לשון עתיד), כי חלק ה' הוא. ומי שזוכה לטעום באמת טעם רזי תורה, יודע הוא כי כל העבודה השלימה רק על זה היא בנויה, לקרב רחוקים, וללקט ניצוצי קדושה מכל מקום שנתפזרו. ולענין דיעות, צריכים ללמוד בעיון את (המקורים) (המקורות) שלהם, בשקידה כראוי לתורה לשמה. ובעונותינו הרבים, העוסקים רק בלבושי התורה (הערת רצי"ה: זהר ח"ג דף קנב. כלומר "נגלות התורה") הנם טועים בזה מאד, ה' ירחם עליהם ויסלח להם בגודל חסדו" ("אגרות", ח"ב עמ' קנג).

"כוונתי, כל מי שהוא מוכשר לעסוק בפנימיות רזי תורה הוא מתמלא יותר מאור החסד של תורת חסד, ועליו החובה לעסוק בתיקון נפולים ובקירוב רחוקים" ("אגרות", ח"ב עמ' קפו).

"ואע"פ שלא בא עדיין למדה זו להבין בעומק העיון את יסוד הענין. וכו' כי ע"י העסק התמידי יגלו שערי אורה ופתחי חכמה לכל הולך בתום בדרך ה' וכו'. על כן ברוכים יהיו כל המתנדבים לעסוק בחכמה (של פנימיות) אפילו שעה או שתים ביום, מדי יום ביומו, אף שעיקר יסוד עיונו ולימודו יהיה ענינים אחרים שבמקצועות התורה" ("אגרות", ח"א דף פא).

"החובה והמצוה לקרוא בגרון (הערה: כלומר בקול רם) את אשר דברו חכמי אמת, הראשונים כמלאכים זי"ע, כי כל חכם ותמים לבב, אשר ימצא בנפשו הכנה ותשוקה לאור חכמת האמת הברה והגנוזה, יהיה משתדל לקבוע בה עיקר עסק תלמודו, כדי שיזכה באמת בכתרה של התורה הפנימית; ועתים ושעות יקבע למקרא למשנה ותלמוד, לפוסקים הלכות ואגדות. ואז יעלה ויצליח ויזכה למאורות גנוזות" ("אגרות", ח"א עמ' פא).

"אמנם הצעירים לימים, או אשר ימצאו בעצמם כבדות ומיעוט חשק למאור הפנימי, עליהם החובה מוטלת לפחות, שלא לגרוע חק דבר יום ביומו, לשיעורים שעה ושתים בכל יום לחכמת האמת. ואז בהמשך הזמן תהיה דעתם מתרחבת ושפע הצלחה יחול על הגיונם גם בגופי תורה (כלומר, נגלות התורה) וכח פלפולם ישגא ויגדל ברעיון זך והרחבת דעת" ("אגרות", ח"א עמ' פב).
"עיקר המגמה צריכה להיות הרמת קרן חכמת ישראל הפנימית, לשאוב אותה מכל מקום שהיא נשאבת, שלא תהיה נאבדת אפילו טפה מבור סיד זה" ("אגרות", ח"א דף נ).

"אבל מאד מאד אנחנו חייבים בשמירת הסדר, וחלילה לדלג אף מדריגה קטנה, רק הכל כסדר" (שם).

"חלק גדול ורשום ומצויין בכל יום ויום, אמנם רק חלק, כי ארבע אמות של הלכה הם היסוד, עיקר כח החיים שהכל עליו נבנה" (שם). "שלא תבזבז כחות ולימודים ההלכיים יותר מהמדה" ("אגרות", ח"א עמ' לז).

"למגמר ולמסבר (בקיאות ועיון) לחזור על למודך בחשק ואהבה, לקנות ידיעה שלמה בגמרא פירוש רש"י ותוספות כסדרן, לעשות העיקר עיקר והטפל טפל. כי לא ראיתי חכם גדול באמת כי אם מאותם שמשימים עיקר עסקם בתלמוד וראשונים, ללמוד ולחזור כסדרן ממש, ביחוד בראשית בכורי הילדות" ("אגרות", ח"א עמ' ז).

"הלא זאת היא עבודת הקודש שגדולי ישראל בכל הדורות נתנו את נפשם עליו, לימוד הגמרא ובירור ההלכה ונטיית המשא ומתן של הפלפול וההערה הישרה המחדדת. וכו' ותזהר נא (בעת הגדת שיעור גמרא לתלמידים) מלהמשך יותר מדאי בעת הלימוד בעניני מחשבות מופשטות. אע"פ שאין ערוך ליקרת ערכן וכו' וכו'. ובכל זאת בודאי לא תזנח ג"כ את היסוד הפנימי, להרטיב את הנשמות הצעירות הללו בטללי חיים של קדושת חיי עם ה' והסתכלותו העליונה." ("אגרות", ח"ד עמ' מ').