"אז (מדובר על הבריונים הלאומיים בזמן חורבן בית שנ) יצאו כיתות לאומיות שספגו את הצד החיצוני של הלאומיות ושמריה. נתגברה שנאת הבריות וכו' תחת דגל הלאומיות. אע"פ ששנאה זו מכוונת לכאורה רק כלפי עם זר ואיננה נוגעת בנחלת האומה (גופא) (עצמה), ברבות הימים מתהפכת למארה פנימית ושנאת אחים מתגברת ומהרסת כל טוב לאומי" ("מאמרי הראי"ה", עמ' 5).
הרב קוק הבחין בין לאומיות חילונית, ללאומיות המבוססת על רעיון הקודש התורני. כך לשונו:
"הלאומיות שבישראל בהתחברה עם ההשקפה הגדולה והקדושה של עול מלכות שמים ועול מצוות, הרי יסודתה בהררי קודש. אבל בהיפרדה ותצא רק לגבול החול של אהבה לאומית גסה, כדרך כל עמי הארץ (כל עמי תבל) שהיא רק אהבה חומרית לעצמו, היא תוליד דברים רעים ודעות רעות המרחיקות את שם ה' מליבות עם ה'" ("עין איה" ח"א עמ' 67, ע"ע "אורות" ראש עמ' סו).
נחזור לחטא בוני המגדל. הם העמידו לעצמם מטרה לחבר כל האוכלוסיה לאחדות אחת, עצמאית ומכלכלת את עצמה, בלי כל צורך לאלוקים. בזה שיא המרד, להכחיש מציאותו של הבורא. אמנם אי אפשר לשום ציבור בלי שיהיה בקרבו אלמנטים של עושי רשעה. כלשון רמב"ם:
"אין אתה מוצא קהל בכל זמן וזמן שאין בהם פרוצים בעריות וביאות אסורות" (הל' איסו"ב פרק כב הלכה יט).
אבל יש להבדיל בין רשע לרשע. הרמב"ם (בפירוש המשנה, סנהדרין, פרק חלק, סוף י"ג עיקרים, מהד' הגר"י קאפח, עמ' קמה) מתח קו אדום המבדיל מתי רשע אפילו "יצא מכלל ישראל". כי כל עוד שהאדם מאמין בה', אפילו הוא נכשל במעשים מושחתים מאד, עדיין יש תקוה. אבל אם הוא כופר בכל, איננו מאמין שיש כח עליון המשגיח ונותן שכר ועונש, סופו מי ישורנו. בזה הוא יצא מכלל ישראל (רמב"ם, הל' עדות, סוף פרק יא).

וכך כותב הרב קוק כי עם ישראל כולל בקרבו אפילו רשעים, כל עוד הם עדיין מאמינים בעליונות התורה וסמכותה, למרות שאינם מקיימים דבריה ופרטיה. אבל אם הגיע למצב אומלל שכבר אינם מקבלים סמכות התורה, ודאי שאינם שייכים ל"כנסת ישראל". כך לשונו:
"על כן צריכה התורה כולה, שמכללת את הכלל כולו בכל שיווי ארחות החיים, להיות לתריס מפני הפירוד וכו'. שהכל צריכים להתאחד בנוגע לכללות קיומה של תורה. ומי שחושב שריבוי הצבעונים צריך להכליל ג"כ אתו הצביון של רשעים המוחלטים, הכופרים ופורקי עול בגלוי, הוא טועה. ועל זה אמרה ברוריה "רני עקרה לא ילדה" (ברכות י ע"א)
עיי"ש עוד ("קבצים מכתב יד קדשו", רמת גן, תשס"ו, עמ' מג. והובא בשינויים קלים ב"אורות" עמ' קסט, פסקא ו). וכך כתב ב"עין איה" (ח"א עמ' 49) כי אין בכוחה של "כנסת ישראל" להוליד גידולים רעים ומאררים כאלו רק מרוח משחית חיצוני נולדו".

וכאן יש לשאול שאלה מחודדת. במדרש רבה (בראשית לח, ו) שבחו חז"ל את אחדותם של דור בוני המגדל. זו לשונם:
"דור המבול ע"י שהיו שטופים בגזל לפיכך לא נשתיירה מהם פליטה. אבל דור המגדל, על ידי שהיו אוהבים זה את זה שנאמר 'ויהי כל הארץ שפה אחת' לפיכך נשתיירה מהם פליטה".
לעומת זאת, חז"ל קובעים במשנה את ההיפך: "פיזור לרשעים הנאה להם והנאה לעולם. כינוס לרשעים, רע להם ורע לעולם" (סנהדרין עא ע"ב). יש כאן סתירה קשה.