אחד הנושאים שמו"ר הרב אברהם אלקנה כהנא שפירא זצ"ל עסק בו ביותר היה המאבק על שלמות הארץ. הרב עמד בראש איחוד הרבנים העולמי למען ארץ ישראל, ובביתו התכנסו לעיתים תכופות הרבנים לדון ולהתייעץ, איך לחזק את הישובים ביש"ע, ואיך לבלום את גלי החולשה של הממשלה המתכננת נסיגות מחלקים מארץ ישראל.
הרב הוציא פסק הלכה בעניין זה וכך כתב :
"לפי דין תורה חל איסור גמור למסור קרקע של ישראל לנכרי משום לאו דלא תחֹנם, ומשום בטול מצות ישוב ארץ ישראל המחייבת כל יחיד ויחיד מישראל. איסור זה חל על כל יהודי אזרח וחייל כאחד. פקודה להשתתף בפינוי יהודים מביתם על מנת למסור את הקרקע לנכרים, הינה פקודה הנוגדת את דת תורתנו ואסור לקיימה...".
על פסק זה נשאל הרב על ידי הרב אהרון ליכטנשטיין שליט"א, כיון שיש דעות שויתורים שעושה הממשלה יביאו להצלת חיי אדם, הרי שיש בזה גדר של פקוח נפש או לפחות ספק פקוח נפש, ומדוע הרב מתעלם משיקול זה? מנין לרב הוודאות המוחלטת שאין כאן גדר של פקוח נפש, האם זו הערכה של המציאות, או סוד ד' ליראיו, או דעתו שעל אף הסכנות, חומר האיסורים וחשיבות השמירה על שלמות ארץ ישראל משקלה עולה על שמירה של נפשות?
נראה כי מרן הרב שפירא זצ"ל אכן הכריע מצד כל שלושת הטעמים הללו. כי אכן הערכת המציאות של הרב ועוד רבים כמותו היתה שהנסיגות שהממשלה מתכננת מסכנות את עם ישראל גם לטווח הקצר וגם לטווח הארוך, והדרך של הממשלה לפתרון הסכסוך שגויה מעיקרה והיא מרחיקה אותנו מהשלום ומרבה את הסכנה. זו גם דעתו של פרופסור אוּמן המומחה הגדול ביותר בעולם לפתרון סכסוכים. וכי תאמר מאחר שנחלקו דעות המומחים, הממשלה היא הסמכות להכריע בשאלה זו - התשובה שלילית, אין לממשלה הסמכות לקבוע מהי המציאות. הסמכות שלה אף פחותה מסמכות המומחים שאף הם מוטים על פי השקפת עולמם. בשיקולי הממשלה מצטרפים שיקולים פוליטיים נוספים שלא מן העניין, ועל כן הפוסק לא חייב לקבל את ההערכה של הממשלה, ולא חייב לקבוע על פיה את הכרעתו ההלכתית. אם הפוסק הגיע למסקנה שהחלטת הממשלה נבעה מהשקפת עולמה, ואילו השקפת עולמה היתה על פי התורה - החלטה היתה אחרת, ואם הפוסק לאחר שבחן את דעות המומחים השונות הגיע למסקנה שנסיגות אלו מסכנות את המדינה ומסכנות נפשות לטווח קצר וארוך, עליו להכריע לפי הבנתו את המציאות.
וכי תאמר הרי הפוסק אינו מומחה בניתוח המציאות, ולכן עליו לראות את המציאות כמסופקת ולא מוכרעת, או אז מאחר שהדעות נוטות לכאן ולכאן, שבה ועולה ההלכה. האומרת, כי יש איסור גמור למסור חלקי ארץ ישראל לנוכרים, ואין כאן ספק פקוח נפש שצריך לשקול אותו כנגד האיסור. על כן ההלכה שהכריע מרן מו"ר הרב אברהם שפירא זצ"ל שרירא וקיימת מהבחינה הזאת, ונמשיך בעז"ה לדון בשבועות הבאים בשאר הנימוקים.