הכהן הגדול מאחיו

בשבתו כדיין בבית הדין הגדול וכרב ראשי, חידש הרב שפירא בחריפותו פסקי הלכה אמיצים שעסקו בין השאר בהשתלות איברים, יהדותם של יוצאי אתיופיה והתרת עגונות, כל זאת תוך הקפדה לא לפגוע בבעלי הדין.