הטענות נגד "גיורי וינה" היו מבוססות, חזקות וצודקות, ואת האמת ההיסטורית בפרשה אין ללמוד מפי עדותם של נוגעים בדבר. גדולי ישראל ראו את הדברים כפי שהם וקיבלו את ההחלטות המתבקשות לפי דרכה של תורה. כל ניסיון לייחס להם מניעים אחרים, קבלת לשון הרע או כניעה ללחצים אינו ראוי ואינו תואם את המציאות .
בקרב הממסד הדתי היה ברור כי גיורי וינה יאומצו, אך סמוך לישיבת מועצת הרבנות בעניין הופעל על הרב אונטרמן לחץ אדיר של הקנאים , המשלחת שהגיעה לווינה עשתה עבודה מרושלת וסבלה מהטיה קשה נגד העוסקים במלאכה , סופה של הפרשה היה בסגירת בית הדין בווינה ובפקפוק בגיורים שנעשו שם ,במישור הכללי, המחלוקת ההיא גרמה למקילים בגיור לחשוש להביע את דעתם בפומבי.
בשנת תשכ"ט הצליחה הסוכנות היהודית לחלץ מברית המועצות מעט יהודים, אך בתחנת המעבר בווינה התברר שחלקם נישאו נישואי תערובת , פעילי עלייה דתיים שגובו בהסכמה שבשתיקה מהרבנות הראשית עמלו כדי לגיירם, אך ספגו מתקפה חמורה שגרמה לרבנות הראשית לחזור בה ולגיירם מחדש בארץ , בניגוד למה שנטען, היוזמים היו אנשים יראי שמיים ואידיאליסטים שפעלו למען המשכיות עם ישראל, כמו ר' אלתר שטיינמץ שאחר דמותו התחקו לאחרונה חוקרי מכון הר ברכה.
פעילים ליטאים ואנשי חב"ד בחרו להפיץ דברי שקר ועלילות סביב פרשת גיורי וינה והרבנים שהכשירו אותם. התוצאה העגומה הייתה מחלוקת קשה והוצאת דיבה שגלשו מחוץ לארץ לתחומי ארץ ישראל.
לאורך יותר ממאה שנה, כדי למנוע טמיעה בגויים והתבוללות, נהגו רבנים ודיינים בצפון אמריקה לגייר תוך ידיעה שהמתגיירים מתכוונים לשמור לכל היותר רק חלק מהמצוות.
האזכור הראשון לביטול גיור במקרה של אי־הקפדה במצוות מופיע בשו"ת בית יצחק לפני כמאה שנים , התחייבות לקיום מוחלט ומתמיד של כל פרטי המצוות אינה ריאלית, ולכן יש לפרש שכוונת המחמירים להתחייבות לאורח חיים דתי באופן כללי , בדעת המחמירים היה היגיון רב בתקופות שבהן ההקפדה הדתית הגדירה גם את הזהות הלאומית.
ברוב חסדה ומסירותה גאלה רות את כל הסובבים אותה: חטאו של אלימלך התמתק, נעמי שלא מיחתה בו זכתה להתנחם בבנה, ואף בועז זכה לממשיך דרכו , למרות הצטרפותם המאוחרת, הברית שנכרתה בהר סיני כללה גם את הגרים, במבט מעמיק, התורה שבכתב והנבואה שייכות יותר לסגולת ישראל, והתורה שבעל פה, המתחדשת כל העת, מתאימה לגרים
השיקול הלאומי האמיתי, בניגוד לזה שמנופפים בו מעודדי הגיור המקל, הוא לסגור את השערים בפני מתגיירי הנוחות ולמנוע את המגמה שמטרתה הפיכת מדינת ישראל למדינת כל אזרחיה.
סבי הרב שלמה גורן זצ"ל כתב ונהג למעשה פעמים רבות מספור לגייר רק כאשר יש כנות מוכחת מצד המתגייר לשמור תורה ומצוות. פרשנויות אחרות או לימוד מתוך מקרים ספציפיים חוטאים למשנתו הברורה.
בין המחלוקות בעניין היתר המכירה וגיור מסורתיים נמתחים קווי דמיון רבים , הבירור ההלכתי סביב שתי הסוגיות דומה במבנהו, אך מה שמאפיין את התפלגות המחנות הוא השקפת העולם ביחס לאחריות לכלל ישראל , בעיית ההתבוללות לא נכחה בסביבתו של מרן הרב קוק זצ"ל, אולם יש להעריך שאילו הכיר אותה לעומק היה נוטה להקל בגיור כפי שעשה בשביעית.
כל אדם יכול להצטרף ליהדות, וההלכה מחייבת לנהוג באופן שווה ביחס ללא-יהודי המקיים שבע מצוות בני נח, ומנגד ישנם הבדלים בין יהודים ולא-יהודים בכל הנוגע לעולם הקדושה. זאת מכיוון שהיהדות באופן ברור איננה גזענות, אך היא איננה מקבלת את השוויון כערך עליון