בחומת העיר העתיקה בירושלים, סמוך לשער שכם, יש פתח של מערה. היא מכונה בפי כל מערת צדקיהו והיא עמוקה וארוכה מאוד. שמה של המערה נובע מדמיונם של אלו שהכירו את דברי חז"ל על חורבן ביהמ"ק הראשון: לקראת נפילת ירושלים בידי הבבלים, נס צדקיה המלך מהעיר במנהרת מילוט שהתחילה בהר והסתיימה בבקעת הירדן סמוך ליריחו. לרוע מזלו, צבי שניסה להימלט מציידים בבליים בחר באותו נתיב מילוט, גילה את סודו של צדקיה וכך הוא נפל בידי הכשדים. סופו המר מופיע בסוף ספר ירמיה.
המערה התגלתה באקראי כאשר אחד מחוקרי ירושלים, לפני יותר ממאה שנה, שוטט עם כלבו, והלז נעלם. כאשר נמצא הכלב נחשפה גם מערה נשכחת זאת.
מגלי המערה העמוקה הזאת קשרו את הספור לעיל עם מערה זו, שהרי המדרגות הרבות היורדות אל בסיסה כמעט ואינן נגמרות ובוודאי זוהי המנהרה עליה דיברו חז"ל. גם המעיין הנובע באחת ההסתעפויות מזכיר את קינותיו ודמעותיו של ירמיהו הנביא שצפה וזעק על החורבן הקרב.כיום, שבילים רבים מסומנים במערה, והיא מרשימה בעומקה ובגובהה על אף שאינה מגיעה עד יריחו. היו שייחסו את כרייתה עם מאמציו של שלמה לבנות את בית המקדש הראשון, כך שלא ישמעו קולות מקבות בו, ושאת חומרי החציבה והלבנים סיתתו והביאו מכאן. "הבונים החופשיים", שחשבו את שלמה המלך לאחד מהם, אמצו את המקום למפגשיהם וקיימו את טקסיהם במערה זו. כיום הדעה הרווחת היא שאת האבנים לבניית בית המקדש השני וכתליו חצבו ממערה זו בתקופתו של הורדוס לפני מעט יותר מאלפיים שנה.