לכאורה לא מובן כיצד ישנן הלכות פרטניות על צורות מדוייקות של אותיות הסת"ם, לאחר שעזרא הסופר החליף את הצורה המקורית של האותיות כפי שהיו בזמן מתן תורה. היות שההלכות מבדילות בין כשר לפסול, נשאלת השאלה מהו המקור לגבי אותיות אשוריות, שכלל לא היו בזמן מתן תורה. בהנחה שחז"ל לא יכולים לעקור דין תורה של אותיות הכתב העברי הקדום, אולי נלמד מכאן שכתב זה אינו דין תורה, ושאין חיוב דין תורה לגבי צורת האותיות?

עיין בספר מרגליות הים על סנהדרין דף כ"א שהביא תשובת גאוני בבל שכתבו כי האותיות שהביא עזרא הם האותיות שנכתבו בלוחות הברית ובספר התורה שכתב משה רבנו. וכן כתב הרמב"ם שכתב התורה אותיות הסת"ם הם האותיות של לוחות הברית ובקושי התיר לכתוב אותם אפילו בגט. ומה שיש שהבינו בטעות שאלו אותיות אשוריות, כתב שם כי ידוע שהאשורים הקדמונים השתמשו בכתב היתדות ומעולם לא בכתב שלנו. וברור שמה שעזרא החליף את הנוהג שכתבו את התורה בזמן הגלות באותיות דעץ, וזה היה קשור במצב הירידה של עם ישראל באותו הזמן.