שאלתי את ראש הישיבה שלי אם מותר לשים מים (קרים) לפני שבת בתוך קומקום, ולכוון שהקומקום יפעל בשבת ע"י שעון שבת - והרב ענה לי שכן, האם הדבר נכון?

נכון. עיין באהלה של תורה ח"ב סי' כא.