אם לא נגעתי במקומות המכוסים בלילה, ואני יכול לדעת זאת, האם מותר לי לגעת בעיניים עפעפיים וכו’ או שעצם הלילה מהווה בעייה של רוח רעה?

ישנם כמה טעמים לנטילת ידיים בבוקר. איסור הנגיעה בפתחים של הגוף הוא משום רוח רעה. רוח רעה שורה על הידיים אף שהם מכוסות ובוודאי שלא נגעת בהם במקומות המלוכלכים, ולכן, אף שישנת בכפפות וכד' אסור לך לגעת בעניים וכד'. גם מי שישן עם כפפות צריך ליטול ידיו בוקר אולם אין לו לברך מחמת הספק. לכן במקרה כזה, יש ללכת לשירותים לפני התפילה ולגעת בידיים במקום מלוכלך ואז ניתן לברך "על נטילת ידיים" לאחר השירותים.