כלומר, האם הרב מתיר עליה להר רק מדין כיבוש ולא בגלל שמותר מעיקר הדין?

כן, אין היתר לעלות כנגד הוראות הרבנות הראשית. רק אם יש צורך בטחוני מותר להקל עם הזהירויות הנדרשות.