למה לפעמים כתוב בתנ"ך "יהונתן" ולפעמים "יונתן"?

הרד"ק בספר שמואל א' יג, ב הרגיש בזה וציין זאת. וראה גם דבריו לספר תהלים (פא, ו) בהקשר דומה, וזו לשונו: "עדות ביהוסף שָׂמוֹ. כלומר, זֵכֶר ועדות שָׂם זה החוק שהיא תקיעת שופר ביהוסף. יהוסף ויוסף כמו יוחנן ויהוחנן, יונדב ויהונדב". הסבר לשינוי זה מופיע ב"תרומת הדשן" (חלק א' סימן רלג), וכה דבריו: "ובשם יהונתן דקדקתי בספר שמואל, ביהונתן בן שאול, דמאז שכרת הברית עם דוד, נכתב בכל מקום 'יהונתן', ומקודם לכן נכתב ברוב המקומות 'יונתן'".