כבוד הרב כיצד עדיף לקשור תפילין של יד לאחר חליצת התפילין, שני הצדדים כנגד כנפי יונה או רק צד אחד שלא הרצועות יהיו על קשר היו׳׳ד (אם אפשר מקור של ההלכה תודה)?

לא משנה. יש נוהגים בתפילין של יד לגלגל בצד אחד כדי שלא יבוא להחליף בטעות את של ראש ביד.