רבנו חננאל הרי"ף והרמב"ם דייקו מלשון הסוגיה בבבא קמא יג, ב (והסוגיה בבא בתרא נד, ב), שהפקר מהווה הסתלקות ולא הקנאה. לפיכך, למרות שהמפקיר את שורו פטור מלשלם את מה שהוא הזיק - יש אפשרות לחייבו.
בסוגיה במסכת נדרים מובאת מחלוקת בין ר' יוחנן לרבא - האם הפקר פועל כ"הקנאה" או כ"הסתלקות". רבא העמיד שתי ברייתות באוקימתות - שנפסקו ע"י הרא"ש ונתה"מ. אך הרמב"ם השמיט אותן מפני שפסק כר' יוחנן.
לשיטת התוספות מי שעושק שכר שכיר חייב מלקות, וכמו כן עדי הלוואה בריבית דאורייתא נפסלים לעדות. אך לשיטת הרמב"ם במקרים אלו מדובר באיסורים שהם תולדת גזל ותולדת ריבית, ולכן אין מלקות ואין פסול לעדות.
תוס' הקשו שבסוגיה בב"ק דף ס"ו קיימא לן כרבה שיאוש קונה, ואלו בסוגיה בב"ק דף ס"ח משמע שהלכה כר' יוחנן שיאוש אינו קונה. הרמב"ם הכריע שר' יוחנן סבור שיאוש קונה אך לא לגמרי. סיוע להבנת הרמב"ם יש בדברי ר' יוחנן בפרק לולב הגזול.
הסוגיה בתחילת אלו מציאות הקדימה, שאם דבר הגיע באיסור לידי המחזיק בו, הוא לא יזכה בו גם כשהבעלים יתייאשו. הרמב"ם פסק כמו סוגיה חולקת שסבורה שקונים ביאוש גם באיסור. יש הבדל בין דיני גזילה לבין דיני גנבה ביחס להשבת הדבר שנלקח.
ברמב"ם קיימת סתירה שיטתית בהלכות רבות; פעמים שמשמע שקדושת הארץ בזמננו היא מדברי סופרים, ופעמים שמשמע שהיא מהתורה. הדבר נובע מפסיקת הרמב"ם בחלות שנובעת ממצוה, שהיא חלה בעתיד אך החלות שלה היא למפרע.
הרמב"ם סבור שקנין של "מעכשיו ולאחר שלושים יום" חל בדיני ממונות כתנאי רגיל שחל לגמרי מעכשיו. אולם בדיני קדושין הקנין פועל כקנין מתמשך שחל בעתיד - ומוחל למפרע.
הרמב"ם פסק את דברי רבי יוחנן שאם הגט או שטר הקדושין נפלו רחוק מאוד מהאשה אך היא מסוגלת לשמור עליהם - הדבר משפיע על מעמדה האישי. אך הרי"ף השמיט אותם בגלל שיטת שמואל. הרמב"ם סבור ששמואל אינו חלוק לגמרי על רבי יוחנן.
רבא אמר שאם הגט נפל סמוך לאשה על גג ששיך לאדם אחר; היא מתגרשת ללא ידיעת והסכמת בעל הגג. הרי"ף השמיט דין זה, והרמב"ם הביאו. מחלוקתם היא מחלוקת תנאים ואמוראים בהבנת משמעות "ונתן בידה".
הרמב"ם למד מהתלמוד שיסוד השליחות קיים לפי כל הדיעות וצריך לפסק את דברי הרמב"ם באופן אחר מהאופן שהקשו עליו. הרמב"ם למד מהתלמוד שרב אחא בריה דרב איקא סבור ששנים שדנו אין דינם דין.
הרי"ף משמיט משנה המחייבת בנזקי גץ שיצא מתחת הפטיש. וכמו כן הוא משמיט את הסוגיות שמשייכות כוח טבע אל האדם ב"כוח ראשון". הרי"ף סבור שרבי וחכמים נחלקו בשאלה עד מתי אנרגיה שהועברה משויכת אל מי שייצר אותה, והוא פוסק כחכמים.
