אליהו הנביא נלקח ב"מרכבות אש" (כמו שכתוב בתורה) ולא מצאו שום עדות בתנ"ך לכך שאליהו הנביא מת או שהנשמה נלקחה מגופו. אז איך אומרים שפנחס הוא גלגולו או שורש נשמתו של אליהו הנביא, הרי כדי שהנשמה תעבור גלגול היא צריכה לצאת מהגוף הקודם (ואז הגוף מת), ולעבור לגוף חדש (גוף שנולד)?

לא נזכר שפנחס הוא גלגול של אליהו אלא שפנחס האריך ימים והוא בעצמו אליהו הנביא. כל זאת על סמך דמיון רב שיש בין שני אישים, קנאות לכבודם של ישראל ולכבוד התורה, פנחס כהן ואליהו מקריב קרבן, אליהו נקרא בספר מלאכי מלאך הברית, ולפנחס נכרתה ברית מאת ד' ועוד. אמנם יש הרבה דיעות בחז"ל שלא הסכימו לכך וסברו שאליהו היה משבט גד או בנימין ולא כהן.