האם ישנה בעיה להתפלל עם כפכפים, בתפילת שחרית\מנחה\ערבית, במניין\בבית ?

לא, אם אתה הולך כך גם ביום-יום, לגביך זה לא נחשב "לא מכובד", זה הנעל שלך. ואין הבדל בין התפילות.