^ 1. שיעור במסגרת יום היערכות למרצי המכללה, לקראת שנה"ל תשס"ה.
^ 2. אוצרות ירושלים, חלק שו, עמ' צה–צו.
^ 3. ראו מנורת המאור, רסז.
^ 4. רמב"ם, איגרת לר' יהונתן מלוניל, שו"ת הרמב"ם, ג, עמ' 57.
^ 5. ראו להלן, על אמירותיו האוהדות הרבה יותר של הרמב"ם את "החכמות", עד ראייתן אפילו חלק מעבודת ד'.
^ 6. רבי משה סופר, חתם סופר, דרשות, פרשת בשלח.
^ 7. כך לפי רבנו בחיי, אבות, סוף פרק ג, ויש שמנו אחרת – כדוגמת רבי יהונתן אייבשיץ שלהלן, ועוד.
^ 8. רבי יעקב פרובנציאלי, שו"ת בדבר לימוד החכמות, עמ' עא.

^ 9. בעשור האחרון נשברו קולמוסים רבים על ניתוחן של האסכולות השונות בהצגת גישת הגר"א למדעים, ראו בהפניות הביבליוגרפיות שלהלן [אטקס, אליאך, שוח"ט, שפירא, שרייבער] ולא כאן מקומן.
^ 10. ר' מנחם מנדל משקלאב, הקדמה לבאור הגר"א למס' אבות; ראו גם ר' ישראל משקלאב, הקדמה לפאת השלחן: "כה אמר [הגר"א], כל החכמות נצרכים לתורתנו הקדושה וכלולים בה, וידעם כולם לתכליתם, והזכירם – חכמת אלגעברא ומשולשים והנדסה וחכמת מוסיקא [...] רק חכמת הרפואה ידע חכמת הניתוח והשייך אליה אך מעשה הסמים ומלאכתן למעשה לא רצה ללמדם [...] ועל חכמת פילוסופיה אמר שלמדה לתכליתה".
^ 11. "ומפה לאוזן אמר לנו הרבה פעמים מה עושים תופשי התורה שלנו בעד קידוש השם כמו שעשו הקדמונים מגדולי ישראל שרבים מהם קידשו שם שמים ע"י ידיעתם המרובה בחקירת מצפוני הטבע מנפלאות הבורא ית"ש אשר גם רבים מחסידי האומות העלו על נס את חכמת ישראל חכמי התורה, אנשי הסנהדרין, תנאים ואמוראים וכו' ובדורות המאוחרים רבנו הרמב"ם ובעל התוספות יום טוב ועוד, אשר הירבו לקדש שם שמים בעיני הגוים ע"י חכמתם במחקרי ארץ" – קול התור, שם. מעין זה גם הרב ברוך משקלוב, בהקדמת תרגומו לספר אוקלידס: "על כן מלאני ליבי לקדש שם שמים".
^ 12. וכך כתב לימים הרב אברהם שמחה מאמטשיסלאוו [אחיין ר' חיים מוולוז'ין]: "רבינו הגדול, קדוש ד' הגאון החסיד [...] אליהו ז"ל מווילנא, השתוקק שספרי החכמות הנצרכים להבנת דברי קדשם [...] יועתק לשפת קדשנו והפציר את הרב החכם... ברוך שקלאווער ז"ל שיעתיקם בכל אשר תשיג ידו, וכן שמעתי מפורש מפה קדוש דודי הגאון מוהר"ר חיים ז"ל מוולאז'ין [...]".
^ 13. קול התור, שם: "במידה שיחסור לאדם בידיעת הסגולות שבכוחות הטבע, יחסר לו מאה ידות בחכמת התורה, ובמידה שחכמי התורה ישיגו במחקרי סגולות הטבע, יוסיפו מאה פעמים בחכמת התורה".
^ 14. על מדיניות זו של ייחוס חכמות ותובנות אוניברסליות למקור יהודי, ראו גם מורה נבוכים ב, יא; י' טברסקי, מבוא למשנה תורה לרמב"ם, ירושלים תשנ"א, עמ' 370–371; ש' רוזנברג, תורה ומדע בהגות היהודית החדשה, ירושלים תשמ"ח, עמ' 9 הערה 2. וראו להלן, מר' דוד בן יהושע המיימוני.
^ 15. ראו בספרי 'השתנות הטבעים בהלכה', ירושלים תשנ"ח 2 , עמ' קסז–קפא ובהערות שם, ולפי המפתח ערך 'גויים'.
^ 16. ראו שו"ת חלקת יעקב א', סימן פד: הרמב"ם והראשונים שידעו חכמת הרפואה, "דוחק לומר שהיו רק על ידי סוד ד' ליראיו [...] ולא השתמשו כלל עפ"י הטבע ללמוד חכמת הניתוח". וראו שו"ת הריב"ש סימן מה; וכן ר"י קאפח, משנה תורה, מהדורתו, א, קרית אונו תשמ"ד, עמ' רפו–רפז.
^ 17. ר' דוד בן יהושע מיימוני, בחיבורו: אלמרשד אלי אלתפרד ואלמרפד אלי אלתגרד, יוסף ינון [פנטון] – מהדיר, מקיצי נרדמים תשמ"ז, עמ' 16–17. פנטון מסכם: [אותם חסידים] האמינו באמונה שלימה שהצופים לקחו את כללי תורתם ממנהגי נביאי ישראל. לדעתם, חוקי הנזירים המוסלמים באו ממקור יהודי.
^ 18. חתימת פירוש רבי יוסף ן' עקנין לשיר השירים: התגלות הסודות והופעת המאורות.

^ 19. ראו לו גם בדברי חמודות, ברכות פרק ה ס"ק מג.
^ 20. לגבי ה'חתם סופר', וקודם לכן לגבי ה'נודע ביהודה', ראו בספרו של מעוז כהנא, מהנודע ביהודה לחתם סופר, ירושלים תשע"ו.
^ 21. ד' כץ, תנועת המוסר, ב, עמ ' 183.
^ 22. דבריו אלה של הנצי"ב, כמו גם אלה שבהערה הסמוכה, משתלבים יפה עם מה שהוכיח בעליל פרופ' ש' שטמפפר, בספרו 'הישיבה הליטאית בהתהוותה', ירושלים תשס"ה, פרק שמיני, שלא סוגיית הלימודים הכלליים היא שהייתה העילה הראשית לסגירת ישיבת וולוז'ין.
^ 23. ראו גם הרחב דבר, בראשית מה, טז: "[...] חכמה חיצונית מכונה בשם בת וברבים בנות, באשר אינם עיקר בנין העולם אלא מצטרפות להרחיב בנין התורה לכמה משפטי התורה [...]"; העמק דבר שמות לז, יט: "שבע חכמות חיצוניות הטפלים לתורה, ושהתורה צריכה להם להתפרש בכל פרטי שיעורין". כן ראה 'קדמת העמק' לספר העמק שאלה, ח"ג , ט. אך השווה מאמרו 'דבר לדור', נדפס בראש ספר 'ונגש הכהן' (ווילנא תרמ"ב). עוד ראו בספרו הנ"ל של שטמפפר, עמ' 260–261: תשובת "נפתלי הירש ברלין" למנהל בתי הספר העממיים של פלך וילנא; ושם עמ' 223, על הסכמת הנצי"ב לקיום מסגרת לימודים כלליים בחסות הישיבה, ואף התחלת מימוש; ושם בהמשך, הפרכת 'אמירות' אחרות.
^ 24. הרב ש"ר הירש, יסודות החינוך, בני ברק תשי"ט, עמ' נא–נג.
^ 25. גב' שפרה מישלוב כתבה עבודת מאסטר מקיפה, בהנחייתי, בסוגיה זו.
^ 26. ראי"ה קוק, אורות הקודש, א, סג.
^ 27. השוו אורות הקודש א', עמ' סז – השפעת הקודש והחול: "[...] הקודש והחול יחד משפיעים הם על רוח האדם, והוא מתעשר על ידי קליטתו מהם מכל אחד את הראוי, מהקודש את אור החיים והפנימיות המהותית; מהחול את הכלי, התפיסה החיצונית, לביסוסם של החזקת התוכנים, חומר למשלים והסברות, וחוגי השקפה לדרכי עולם ומדות דרך ארץ. והעושר של ההבדלה בין הקודש ובין החול, המתבררת יותר ויותר על ידי הכינוס הרכושי של המקורות השונים, מאמץ את הנפש ומאירה, עד שבבוא הדבר לחוג הפנימי של התורה, אותו הערפל החולני מבהיק יותר ויותר את זהרה של תורה, ואורות מאופל מתגלים במלא הדרם". כאן מצוינת אם כן דווקא ברכת ההבדלה, שכן לחול המובדל תפקיד חשוב אל מול הקודש. עם זאת נראה שגם כאן, "עושר ההבדלה" הכרחי זמנית בלבד, עד ש"אורות מאופל [הוא אותו "ערפל חולני", חולי] מתגלים במלוא הדרם".
^ 28. ראו אורות הקודש, א, עמ' נא: כללות התורה והמקצועות.
^ 29. מאמרי הראי"ה עמ' 405–406, סעיפים ה–ו.
^ 30. בהקשר זה מוסיפה הפיסקה הסמוכה "שהקודש [...] יונק מהחול", שהוא אמנם "למטה ממדרגתו", אך מזין אותו בהיותו שייך אליו: "הגיע הזמן לפרסם בעולם שהקודש, האידאליות העליונה הראויה להיות נכספת מכל צדיקים, מכל ברי לב, הוא יונק מהחול. כמו שהצומח יונק מהדומם וכמו שהחי והאדם נזון ממה שהוא למטה ממדרגתו כהויה. ואז יבא התור בעולם, שרוח הקודש ושאיפת הקודש יהיו הגורמים האדירים לבנין העולם ושכלולו [...] ויהיו ישוב השכל וישוב העולם הולכים בהדדיות גמורה, ויהיה כבוד ד' לעולם וישמח ד' במעשיו".
^ 31. ראו מאמרים נוספים בספר זה שלפנינו.
^ 32. יצוין שספרו הנ"ל של פרופ' יהודה לוי זכה ל'הסכמות' רבות נוספות, של הרב יוסף ברייער; הרב יעקב קמינצקי; הרב אהרן סולוביציק; הרב אברהם פרבשטיין; הרב עובדיה יוסף. וראו להלן, סימן כ: "ביקורת תהיה"? מבחנה הערכי של הביקורת.