^ 1. שנינו בגמרא (שבת יא ע"א): "ואמר רבא בר מחסיא אמר רב חמא בר גוריא אמר רב, כל עיר שגגותיה גבוהין מבית הכנסת – לסוף חרבה, שנאמר: 'לרומם את בית אלקינו ולהעמיד את חרבותיו'". על-פי זה פסק השו"ע (או"ח סי' קנ סע' ב): "אין בונים בהכ"נ אלא בגבהה של עיר, ומגביהין אותו עד שיהיה גבוה מכל בתי העיר שמשתמשים בהם". בפועל אין נוהגים כן, וכפי שכתב ה"מגן אברהם" (שם ס"ק ב), שכיוון שהגויים בלאו הכי בונים את בתיהם מעל גובה בית הכנסת, אין טעם להקפיד ואין צורך בכך. יש לציין שגם בזמנינו, בארץ ישראל, נוהגים להקל בכך. הסביר זאת מו"ר הגרז"נ גולדברג שייתכן שדברי הגמרא מוסבים על המציאות שהייתה אז, שבה בנו בתים בני קומה אחת, וגם היום מקפידים שגובה בית הכנסת יהיה יותר מגובה קומה רגילה, אך אין היגיון לבנות בית כנסת בגובה של גורד שחקים. אלא שלכאורה טעם זה נכון דווקא לגבי בתים אחרים, אך בבית הכנסת עצמו אין שייך להתיר מטעם זה. וכן נראה משו"ת "חתם סופר" (או"ח סי' ל), וכן פסק גם "ערוך השולחן" (או"ח סי' קנא סע' יז) שקיים איסור מטעם זה. ובפוסקים שיובאו לקמן (בהערה 2), שהתירו לעשות בית דירה מעל בית כנסת, לא משמע שחילקו בעניין. שו"ת "לב אריה" (סי' ד) הביא את דברי ה"חתם סופר" ותירץ שאם מלכתחילה בונים את בית הכנסת באופן שלא מקדישים את מה שעליו (וקל וחומר בנדון דידן, שמדובר כבר בבניין קיים), הרי קדושתו פחותה מקדושת ההיכל, שממנו נלמד העניין של הגבהת בית הכנסת (כמו שהובא לעיל מהפסוק "לרומם את בית אלוקינו"). הוא סיים במילים "שומר נפשו ירחק מזה", אך במקום הצורך ודאי ניתן לסמוך על המתירים, מה עוד שגם הרמ"א עצמו (שם סי' קנ סע' ב) פסק שבשעת הדחק ניתן להתפלל בבית שעלייה על גביו, אף שבית הכנסת נמוך ממקום דירתו, אם הוא עומד בתנאי הנקיות שיפורטו לקמן.
^ 2. השו"ע (או"ח סי' קנא סע' יב) פסק שיש להיזהר מלהשתמש בעלייה שעל גבי בית הכנסת תשמיש קבוע של גנאי, כגון לשכב שם. והרמ"א (שם) פסק שזה דווקא בבית שנבנה בתחילה לשם בית הכנסת, אך במקום שלאחר שנבנה ייחדו לביהכ"נ– מותר לשכב, ואם כן הוא הדין בנדון דידן. הט"ז (שם ס"ק ד) הוסיף שהוא הדין אם מלכתחילה בנו בית הכנסת עם בית דירה מעליו, וכן פסקו ה"משנה ברורה" (שם ס"ק מא) ושו"ת "שבט הלוי" (ה סי' יח). ובדבר מאוס כגון שירותים וכד' פסקו גם הם שאסור. הט"ז (שם) טוען שהטינוף מפסיק את התפילה בין ישראל ובין אביהם שבשמים, וה"משנה ברורה" שם חולק עליו, אך מסכים שתשמיש קבוע של טינוף אסור, אלא שה"מגן אברהם" (שם ס"ק יח) וה"משנה ברורה" (שם ס"ק מב) סיימו שגם בשכיבת קבע שומר נפשו ירחק. אלא שסיימו "ובפרט במקום שהוא נגד ההיכל", משמע שיש יותר מקום להקל מעל שאר האולם, וכן עולה מתשובת הרמב"ם בשו"ת "פאר הדור" (סי' עד), שמותר לישון בעלייה שמעל בית הכנסת, כל שאינו נגד ההיכל.
והנה, הפוסקים לא חילקו בין שכיבה לצורך שינה לשכיבה לצורך תשמיש, ואדרבה, מכך שכתבו שהגנאי בשכיבה קיים רק בשימוש קבוע נראה יותר שהכוונה לשינה ממש, וכן מוכח מדברי הרמב"ם שהובאו לעיל, שהשתמש במונח שינה ולא שכיבה. וע"ע בנושא של בית הכנסת שמעליו חדרים בשו"ת "במראה הבזק" (ו תשובה כא).
^ 3. כפי שהובהר לעיל, טינוף הוא גנאי גדול יותר ובו יש להקפיד יותר.
^ 4. עיין בתשובת "פאר הדור" (שם), שממנה משמע שכנגד ההיכל אסור להניח אף את כלי מלאכתו, וכן מדוקדק מדברי ה"משנה ברורה" (שם ס"ק מ), שעל דברי השו"ע (שם סע' יב), שמסתפק אם ניתן לעשות מעל גג בית הכנסת שאר תשמישים, אומר שמ"פאר הדור" רואים שיש להקל, מלבד מקום שעל גבי ההיכל. ואמנם היה מקום לומר שכמו שנתבאר לעיל שניתן להקל בבית הכנסת אם מלכתחילה לא ייחדו לשם כך, נראה יותר שזה דווקא בבית הכנסת, שניתן להתנות שלא יתקדש בקדושה מלאה, אך ארון נחשב לתשמישי קדושה (שם סי' קנד סע' ג), וממילא קדושתו חמורה יותר (ועיין שם סי' מב סע' ג, שמועיל תנאי מפורש גם לתשמישי קדושה, כל עוד אין מדובר בתשמיש מגונה, אך בסתם הוא מתקדש ברגע שמתחילים להשתמש בו). ובשו"ת "יביע אומר" (ו או"ח סי' כו אות ה) נתן עצה לשים שם ארון בגדים וכד'.
כל זה מעל ההיכל ממש, אך בקומות עליונות יותר כתב שם (וכן כתב בשו"ת "שבט הלוי" א סי' כז) שלא נתקדשו כלל, וניתן להשתמש ללא הגבלה. אף-על-פי-כן, נראה שמתשמיש של גנאי גדול, כגון שירותים, יש להיזהר גם בקומות שמעל, שכן הבעיה של טינוף המפסיק לא נפתרה (מה"יביע אומר" ו"שבט הלוי" משמע שגם זה מותר, ולכן במקום שאין ברירה ניתן יהיה להקל גם בכך).
^ 5. ההפקעה תיעשה כמבואר בשו"ת "במראה הבזק" (ו תשובה כא). באשר לדמים שבהם נעשית ההפקעה, היות שלפי המתואר בשאלה נראה שאין המדובר בבית הכנסת של כרכים אלא של כפרים, אין בעיה להוציא את המעות לחולין, אם יבצעו את המכירה בז' טובי העיר, במעמד המתפללים או בפרסום (עיין בשו"ת "במראה הבזק" ו תשובה יח, שאם מדובר בבית כנסת של כרכים יש סברה לומר שכאשר ניתן למכרו – אין אפשרות להוציא את המעות לחולין). הבעיה השנייה של בית כנסת של כרכים, שלא ניתן למכרו כלל, כמבואר בשו"ע (או"ח סי' קנג סע' ז), אינה קיימת כאן, שכן כבר שנים שאין מתפללים בבית הכנסת, ופסקו ה"מגן אברהם" (שם ס"ק יב) וה"משנה ברורה" (שם ס"ק לג( שאם אין מתפללים בבית הכנסת ניתן למכרו. אף-על-פי-כן, נראה שאם יש צורך לבנות ארון קודש או לקנות ספר תורה – כדאי להשתמש לשם כך במעות הללו. ועיין עוד בפרטי הדינים של מכירת בית כנסת והפקעת קדושתו בשו"ת "במראה הבזק" (ו תשובות יח כא).