1) שמעתי שיש לשהות זמן כלשהו בין הקימה לתפילה (גם אם התפנה כבר), כמה ומדוע? 2) יש האומרים את ברכת "אלוקי נשמה" לפני ברכות התורה ויש שלאחריהן. מה טעם כל מנהג?

א. לגבי שהייה לא ברור לי למה כוונתך. אולי הכוונה להלכה שצריך להכין עצמו לתפלה כדי שיכנס לתפלה מיושב. וצריך לחכות לפחות כדי הילוך ד' אמות. ב. הוזכרו מנהגים שונים בנוגע לאמירת ברכות התורה. [אורח חיים ס' מו ט' ומ"ב ס"ק כ"ט.]. ובספר מעשה רב לגאון מולינה כתב שנהגו להסמיך ברכות התורה לאמירת התמיד לאחר אמירת כל ברכות השחר. ובספר אשל אברהם לגאון מבוטשאטש כתוב שנהוג לומר ברכות התורה לפני ברכת אלוקי נשמה. הטעם לחילוקי המנהגים הוא שמי שמקדים את ברכות התורה אומר שאין טעם לחיים וגם להופעת הנשמה ללא שקיבלנו את התורה. ומי שמקדים את ברכת אלוקי נשמה סובר שיש להקדים את ההודאה על הנשמה והחסד הפרטי שעשה עימנו הקב"ה. ומה עוד שהנשמה חוזרת אלינו בבוקר עוד לפני שהתחלנו ללמוד תורה. המנהג הנפוץ יותר הוא לומר ברכות התורה לאחר ברכת אלוקי נשמה.