^ 1.. הוא מוכר גם בשמו הערבי סעיד אל פיומי (סעיד מפיום, עיר ומחוז במצרים עילית, מדרום מערב לקהיר).
^ 2.. תענית כד, ב.
^ 3.. באותה תקופה חי בטבריה עוד בעל מסורה ששמו בן נפתלי. הנוסח שלו למקרא שונה מזה של בן אשר ב-875 מקומות, כשכמעט בכולם ההבדלים הם בקריאה. עם זאת, יש מספר הבדלים בכתיב ובניקוד בין נוסח בן נפתלי לנוסח בן אשר. בנוסח המקרא המקובל היום הוכנסו בכמה מקרים הגרסאות של בן נפתלי, אף, שכאמור, הנוסח של בן אשר נחשב לנוסח המסורה האותנטי כמעט בכל המקרים.
^ 4.. הציטוט המדוייק מופיע אצל י. שמעון פדר, "תולדות הדורות" (בני-ברק, ה'תשמ"ה), חלק ב עמ' 63.
^ 5.. ד"ר שמעון אפנשטיין, "עיון וחקר" (מוסד הרב קוק, ירושלים ה'תשל"ו), ע' 69
^ 6.. הדת הקראית אוסרת, למשל, לאכול מזון חם או לצאת מהבית בשבת, אך מתעלמת כמעט לגמרי מהאיסור לערב מאכלי בשר ומאכלי חלב.
^ 7.. ד'תרמ"ב-ד'ת"ש (882-940). אפנשטיין חיבר מאמר מצוין על הפרק העגום הזה בהיסטוריה היהודית.
^ 8.. פדר ע' 74. כמה גאונים כיהנו בין מותו של רבנו סעדיה לבחירתו של דוסא. דוסא היה בגיל מבוגר יחסית כשהתמנה לגאון. כהונתו נמשכה שלוש שנים בלבד.
^ 9.. רבנו אברהם אבן עזרא בפירושו לתורה מרבה לצטט מפירושו של רבנו סעדיה.
^ 10.. השם בערבית הוא "כתאב אלאמאנאת ואלאעתקאדאת".
^ 11.. בניגוד ל"מורה נבוכים" של הרמב"ם.
^ 12.. ראה פירוש רבנו אברהם אבן עזרא לבראשית ב, יא, שממנו עולה שרבנו סעדיה ידע שיש אפשרות שמוסלמים יקראו את התרגום שלו ולכן חש צורך לבחור בתרגום חד משמעי גם כאשר המקור העברי היה דו-משמעי, שמא יאשימו המוסלמים את היהודים שאינם מבינים את התורה שלהם.
^ 13.. רבנו סעדיה האמין שגדולת התורה תזכה להכרה מלאה רק באמצעות שימוש בידע כללי ובדיסציפלינה פילוסופית. הוא סבר שמאחר שהארמית והערבית היו שפות-אחיות של העברית, ידיעת השפות האלה חיונית למי שרוצה להיות בקי בבלשנות העברית. אפשר להבין טוב יותר מילים קשות וביטויים עלומים בעברית באמצעות השוואה לארמית ולערבית. התלמוד מלא מקרים רבים שבהם מילים או ביטויים בעברית פורשו על סמך השוואה לשפות אחרות. תלמידו של רבנו סעדיה, דונש בן לברט, ביסס את הדקדוק העברי שלו על עקרון ההשוואה של העברית לארמית ולשפות שמיות אחרות. השקפה זו, שאומרת שאי אפשר להבין את שפת התורה בלי להתייחס למקורות אחרים, הייתה שנויה במחלוקת חריפה במאות מאוחרות יותר, בייחוד בכל הנוגע ליצירות הפילוסופיות של הרמב"ם, שהרבה לשאול מהספרות היוונית. בימי חייו נחסכה מרבנו סעדיה ביקורת חריפה על השקפותיו הפילוסופיות, אך בדורות מאוחרים יותר, דעותיו על הטבע וגישתו הרציונאלית למצוות התורה ולפרשנותה היו מושא למחלוקת. סוגיית הפילוסופיה והידע הכללי והקשר שלהם לתורה תמיד היו שנויים במחלוקת בעולם היהודי, והמחלוקת הזאת נמשכת במידה כזו או אחרת עד היום.