ר' משה נותן הדרכה פדגוגית לנהוג עם התלמידים ככל הניתן במיעוט הכאות:

"בעניין ההנהגה עם התלמידים, ראוי שלא יתנהג הרב בהכאות בלי חמלה. רק (-אלא) ישתדל להתנהג עמהם בגערה לבד, וההכאות יהיו רק לזמנים רחוקות, כדי שיהיו עושים בהם רושם. אבל אם יורגלו בהכאות – לא יעשו בהם שום רושם, וגם ההורים לבסוף יהיו מצטערים מזה. וכמאמר הכתוב: "תחת גערה במבין – מהכות כסיל מאה". וגם הגערות יעשו בהם רושם כמו ההכאות.
(כמו כן,) גם ישתדל להפיק רצון כל אדם (=לסייע לכל אדם כפי רצונו של האדם), בין בדבר השייך לכללות הקהל בין בדבר השייך לאיש פרטי ורק בזה ימצא חן ושכל טוב בעיני אלוהים ואדם".
(ברית כהונה ערך לימוד יט)

הכאות צריכות להיות מעשה קיצוני שישדר לתלמיד את חומרת מעשהו, במקרה הנצרך. אם כל דיבור הופך לצעקה – כבר אין ערך לדיבור הפשוט. באותה צורה, גם הגערות יאבדו את ערכן אם תמיד תהפֹכנה להכאות. כלומר, המלמד הוא הקובע את מילון-המונחים של התנהלות הקשר עם התלמידים. בבניית המילון הזה, ממליץ ר' משה להִצמד לחכם מכל אדם: אם המלמד ישתמש גם בכח הגערה – לא ייאלץ להגיע להכאות כל-כך מהר ובנוסף, גם לגערה יהיה ערך חינוכי בעיני התלמיד, כתוצאה ישירה של המשודר מהמלמד. כמובן, כיום, כאשר התלמידים בעלי דעה יותר עצמאית וחופשית הכאה חמורה הרבה יותר כיון שהיא עלולה לפתח אנטגוניזם והתנגדות לקבלת המסר, וככלל הכאה רק מזיקה.
ר' כלפון מוסיף גם-כן הדרכה חשובה שאמנם איננה 'בשעות הלימודים' אך היא יסודית בחייו של מחנך: המחנך אינו יכול לנהוג רק עם תלמידיו באהבה ואילו כלפי שאר האנשים יתייחס בניכור. על המחנך לעזור בכל מקום שיכול ולתמוך תמיד כמה שיותר. רק אז הוא ימלא את חובתו קודם כל כלפי ה', שמצפה ממנו לנהוג בישרות ובאהבה כפי שהוא נוהג בתלמידיו, ובסופו של דבר הדבר ישפיע גם על לימוד התלמידים, שירגישו שלפניהם איש אמת, אהוב ומקובל על הבריות.